C H A N G E: Scintillation camera parameters

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C H A N G E: Scintillation camera parameters
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1 - Photon energy............................keV:
2 - Source: half-length .....................cm:
3 - Source: half-width .....................cm:
4 - Source: half-height .....................cm:
5 - Phantom: half-length .....................cm:
6 - Phantom: half-width .....................cm:
7 - Phantom: half-height .....................cm:
8 - Crystal: half-length/Radius...............cm:
9 - Crystal: thickness........................cm:
10 - Crystal: half-width..[0=circular].........cm:
11 - Backscattering material: thickness........cm:
12 - Height to detector surface................cm:
13 - Cover: thickness..........................cm:
14 - Phantom type................................:
15 - Source type................................:

Index-2：sourceのサイズ（x方向の半分）[cm]
sourceの形状はIndex-15で指定します。 ボクセルベースのsourceを使用する場合は全長（スライス厚×スライス枚数）の半分の値を入力してください。
スライス枚数はIndex-34で指定します。
例：128スライスの画像でIndex-2を80とすると、スライス厚は2×80/128=1.25cmとなります。
ただし、/THスイッチで上書きすることができます。

関連項目【現在の設定】：Index-34【＿＿＿】

Index-3：sourceのサイズ（y方向の半分）[cm]
ボクセルベースの場合はこの値が使用されません。
source mapのボクセルサイズは、density mapに従います（Index-31）。
ただし、/PXスイッチで上書きすることができます。

関連項目【現在の設定】：Index-31【＿＿＿】

Index-4：sourceのサイズ（z方向の半分）[cm]
ボクセルベースの場合はこの値が使用されません。
source mapのボクセルサイズは、density mapに従います（Index-31）。
ただし、/PXスイッチで上書きすることができます。

関連項目【現在の設定】：Index-31【＿＿＿】

Index-5：phantomのサイズ（x方向の半分）[cm]
ボクセルベースのphantomを使用する場合は全長（スライス厚×スライス枚数）の半分の値を入力してください。
スライス枚数はIndex-34で指定します。
例：128スライスの画像でIndex-5を80とすると、スライス厚は2×80/128=1.25cmとなります。

関連項目【現在の設定】：Index-34【＿＿＿】

Index-6：phantomのサイズ（y方向の半分）[cm]
ボクセルベースの場合はこの値が使用されずにIndex-31の値が使われます。

関連項目【現在の設定】：Index-31【＿＿＿】

Index-7：phantomのサイズ（z方向の半分）[cm]
ボクセルベースの場合はこの値が使用されずにIndex-31の値が使われます。

関連項目【現在の設定】：Index-31【＿＿＿】

Index-8：detectorのサイズ（x方向の半分）[cm]

Index-9：シンチレータの厚さ[cm]

Index-10：detectorのサイズ（y方向の半分）[cm]
Index-10 = 0とした場合、半径がIndex-8の円柱形状となります。

Index-11：シンチレータ後方の散乱体（PMT等）の厚さ[cm]
Flag-7をTrueにしないとシミュレートされません。
散乱体での散乱回数はsimind.iniで定義されます。

関連項目【現在の設定】：Flag-7【＿＿＿】

C H A N G E: Scintillation camera parameters

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C H A N G E: Scintillation camera parameters
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16 - Shift source in x-direction...............cm:
17 - Shift source in y-direction...............cm:
18 - Shift source in z-direction...............cm:
19 - Photon direction.........................deg:
20 - Upper window threshold...................keV:
21 - Lower window threshold...................keV:
22 - Energy resolution ...[140 keV]............ %:
23 - Intrinsic resolution [140 keV]............cm:
24 - Emitted photons per decay...................:
25 - Source activity..........................MBq:
26 - Number of photon histories * 1E6............:
27 - keV/channel..............................keV:
28 - Pixel size in simulated image.............cm:
29 - SPECT: No of projections....................:
30 - SPECT: Rotation [0=-360,1=-180,2=360,3=180] :

Index-16：source位置の移動（x方向）[cm]:

Index-17：source位置の移動（y方向）[cm]:

Index-18：source位置の移動（z方向）[cm]:

C H A N G E: Non-homogeneous phantom and SPECT parameters

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C H A N G E: Non-homogeneous phantom and SPECT parameters
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31 - Pixel size in density images............. cm:
32 - Orientation of the density images ..........:
33 - First image of the set of density images....:
34 - Number of density images....................:
35 - Density limit that defin the border... g/cm3:
36 - Shift density images rel origin (y-dir)...cm:
37 - Shift density images rel origin (z-dir)...cm:
38 - Step size for photon path simulation......cm:
39 - Shift density images rel origin.(x-dir).,,cm:
40 - Density threshold between soft & bone..g/cm3:
41 - SPECT: Starting angle................ degree:
42 - SPECT: Orbital rotation fraction............:
43 - Camera offset : x-direction...............cm:
44 - Camera offset : y-direction...............cm:
45 - Code definitions in generic Zubal phantom...:

Index-35：phantomの境界を定義する密度[g/cm3]

ここで指定した値（閾値）よりも低い密度であればphantomの境界に達したと判定されます。
画像にノイズが多い場合、誤った判定をされる可能性があるためphantom内の低密度領域（肺野や体内ガスなど）とBG（空気）の平均値±標準偏差を考慮して決める必要があります。
正しくphantomの境界を識別しなければ減弱や自動近接の精度が低下します。

Index-36：phantomの平行移動（y方向）[cm]

Index-37：phantomの平行移動（z方向）[cm]

Index-39：phantomの平行移動（x方向）[cm]

Index-41：SPECT撮像における検出器の開始角度[°]
SPECT撮像（Flag-5）を有効にしている場合のみ関係します。
正の値：時計回り
負の値：反時計回り
0：z軸に中心を合わせた角度
回転範囲はIndex-30にて指定しています。

関連項目【現在の設定】：Index-30【＿＿＿】, Flag-5【＿＿＿】

Index-42：SPECT撮像におけるdetectorの非円形軌道を制御する軌道回転分数（orbital rotation fraction）
SPECT撮像（Flag-5）を有効にしている場合のみ関係します。
正の値：
　Index-12（原点から検出器の最も近い部分までの距離, z方向）に対してy方向の原点から検出器の最も近い部分までの距離を指定します
　例　Index-12 = 10としていた場合、Index-42 = 1.5であれば, y軸上における回転の最大半径は15cmとなります。
　例　Index-12 = 10としていた場合、Index-42 = 1であれば半径10cmの円軌道になります。
負の値：
　自動近接モードとなります。例えば-5とするとphantom表面と検出器表面の距離が5cmとなるように回転します。
　各方向でどのような距離で回転したかはログファイル（*.cor）に出力されます。
　Index-35が適切に設定され、phantom境界を正しく認識している必要があります。
Index-42 = 0にはできません。

関連項目【現在の設定】：Index-12【＿＿＿】, Flag-5【＿＿＿】

Index-43：detectorの平行移動（x方向）[cm]

Index-44：detectorの平行移動（y方向）[cm]

Index-45：Code based phantomの指定
Code basedのphantom（Index-14 & Index-15 = -1 or -5 or -6）を選択した場合に入力が必要になります。
phantom.zubには以下のようなsectionが書かれています。この値を入力します。
フォーマットを守れば新たなsectionを追加することも可能です。
対応しているファントム：
　8bit -> Index-14 & Index-15 = -5
　32bit -> Index-14 & Index-15 = -6
　vox_man1.dat -> Index-14 & Index-15 = -1

関連項目【現在の設定】：Index-14【＿＿＿】, Ineex-15【＿＿＿】

C H A N G E: Collimator parameters si-lehr

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C H A N G E: Collimator parameters XX-XXXX
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46 - Hole size X.............................. cm:
47 - Hole size Y.............................. cm:
48 - Distance between holes in x-direction.....cm:
49 - Distance between holes in y-direction.....cm:
50 - Shif center hole in x-direction...........cm:
51 - Shif center hole in y-direction...........cm:
52 - Collimator thickness......................cm:
53 - Collimator routine .........................:
54 - Hole shape:2=Circular,3=Hex,4=Rectangular...:
55 - Type: 0=PA,1=PI,2=CO,3=FB,4=DV,5=SH ........:
56 - Collimator-dependent variable 1. :
57 - Collimator-dependent variable 2. :
58 - Collimator-dependent variable 3. :
59 - Random collimator movement (0=no)...........:
60 - Collimator-dependent variable 4. :

Index-46：コリメータのサイズ（x方向）[cm]
六角形の場合、内接円の直径または直線間の距離として穴の径を指定します。

Index-47：コリメータのサイズ（y方向）[cm]
円形：Index-46 = Index-47
六角形：Index-46 × （2/√3）

Index-48：コリメータ穴間の距離（x方向）[cm]
隔壁の厚みを意味します。

Index-49：コリメータ穴間の距離（y方向）[cm]
円形：Index-48 = Index-49
六角形：(Index-48 × （√3/2）) + Index-46/√3 + (Index-48 × （√3/2）)

Index-50：中心から隣接する穴までのx方向のシフト[cm]
このパラメータは円形または六角形のコリメータ穴（Index-54 = 2 or 3）にのみ適用されます。
（Index-46 + Index-48）/2で表されます。

Index-51：中心から隣接する穴までのy方向のシフト[cm]
このパラメータは円形または六角形のコリメータ穴（Index-54 = 2 or 3）にのみ適用されます。
（Index-47 + Index-49）/2で表されます。

Index-52：コリメータの厚み（z方向）[cm]

Index-53：コリメータのタイプを選択してください:
両者の違いは右のリンクを参照: https://github.com/lukepolson/SIMIND-Tutorials/blob/master/tutorial4/analysis.ipynb
Index-53 = 0がAnalytical modelです。γ線のエネルギーが低い場合には大きな違いはありません。
コリメータのタイプを選択してください 0: 以前のデフォルトのcollimator（developed by Eric C. Frey et al.） 1: Penetrationやscatterが考慮される六角形または長方形の穴を持つparallel hole collimator

Index-54：コリメータ穴の幾何学的形状:
コリメータの形状を選択してください 2: 円形 3: 六角形 4: 長方形 -3: 六角形（90°回転）

Index-55：コリメータの幾何学的形状:
コリメータのタイプを選択してください 0: 平行孔コリメータ（Index-53 = 0 or 1） 1: ピンホールコリメータ（Index-53 = 1） 2: コンバージングコリメータ（Index-53 = 0） 3: ファンビームコリメータ（Index-53 = 0） 4: ダイバージングコリメータ（Index-53 = 0） 5: 傾斜孔コリメータ（Index-53 = 1）

Index-56：コリメータ依存変数1[cm]
Index-55 = 0の場合、この値はcollimatorとdetectorの間の空隙を意味します。
Index-55 = 1の場合、この値はpin-holeとdetectorの間の空隙を意味します。
※manualにはcoverとの間の空隙を意味すると書いてある。どちらが正しい？

Index-57：コリメータ依存変数2[cm]
Index-55 = 2 or 3 or 4であり、Index-53 = 0 の場合、この値は焦点距離を意味します。

Index-58：コリメータ依存変数3　（将来のリリースで使用される予定）

Index-59：画像上で観察されるコリメータ孔のパターン影の削除
平行孔コリメータ（Index-55 = 1）において画像上で観察される穴のパターンを、コリメータを移動させることで消します。
選択してください。 0: いいえ。移動させません。 1: はい。移動させます。

Index-60：コリメータ依存変数4　（将来のリリースで使用される予定）

C H A N G E: Imaging parameters and other settings

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C H A N G E: Imaging parameters and other settings
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76 - Matrix size image I ........................:
77 - Matrix size image J ........................:
78 - Matrix size density map I ..................:
79 - Matrix size source map I ..................:
80 - Energy spectra channels ....................:
81 - Matrix size Density map J ..................:
82 - Matrix size source map J ..................:
83 - Cut-off energy to terminate photon history..:
84 - Scoring routine ............................:
85 - CSV file content ...........................:

C H A N G E: Solid-State detector settings - I

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C H A N G E: Solid-State detector settings - I
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91 - Voltage...................................V:
92 - Mobility life (electrons)........10-3 cm2/V:
93 - Mobility life (holes) ...........10-3 cm2/V:
94 - Contact pad size ...................... cm:
95 - Anode element pitch .................... cm:
96 - Exponential decay constant (tau)...........:
97 - Components in Hecht formula (e=0, e+h=1)...:
98 - Energy resolution model ...................:
99 - Cloud mobility.............................:
100 - Detector Array Size I ...............pixels:
101 - Detector Array Size J ...............pixels: